Vtk（visualization toolkit）是一个开放资源的免费软件系统，主要用于三维计算机图形学、图像处理和可视化。Vtk是在面向对象原理的基础上设计和实现的，它的内核是用C++构建的，包含有大约250,000行代码，650多个类，还包含有几个转换界面，因此也可以自由的通过Java，Tcl/Tk和Python各种语言使用vtk。 Vtk几乎可以在任何一个基于Unix的平台上操作，以及Windows 95/98/NT/2000/XP。

Mathematica是由英国科学家斯蒂芬·沃尔夫勒姆领导的沃尔夫勒姆研究公司（位于美国伊利诺伊州香槟市）开发的一款广泛使用的计算软件。它拥有强大的数值计算和符号运算能力。它是目前为止使用最广泛的数学软件之一。同时，Mathematica也是沃尔夫勒姆公司的注册商标。 软件名字“Mathematica”是由苹果创办人乔布斯向沃尔夫勒姆公司创立者斯蒂芬·沃尔夫勒姆提议的，并且沿用至今。

Scilab，开源的科学计算软件，于近日发布了 5.0.1 版。 新版本除了将授权许可更改为与 GPL v2 相容的 CeCILL 之外，还包括下列重要变动： 使用 Java Swing 重写了 GUI（图形用户界面），内含基于 JOGL 的新渲染引擎 将系统切分成了许多可独立编译的模块 提供简体/繁体中文的本地化界面，相信中文用户使用起来会更显亲切 新增 Java 帮助浏览程序，由 DocBook 生成新的帮助文档

JOONE(Java Object Oriented Neural Network)是sourceforge.net上一个用java语言迅速开发神经网络的开源项目。JOONE支持很多的特性，比如多线程和分布式计算，这意味着可以JOONE可以利用多处理器或是多计算机来均衡附载。 JOONE主要有三个大的模块： joone-engine ：joone的核心模块。 joone-editor ：joone的gui开发环境。不用编写一行代码就建立神经网络模型，并可以进行训练和验证。Joone中提供了一个用joone-editor建立xor网络模型的例子，本文中的神经网络就是参考这个例子所完成的。 joone-distributed-environment ：joone用于支持分布式计算的模块。

Genius是一个任意精度整数和多种精度浮点计算器。它包含一个它自己的程序语言，在某些方面类似于C语言，bc，或Pascal。它可以处理有理数和复数。支持矩阵运算。它使用的是GMP库，以便它进行非常快的大量计算。它有一个命令行和GNOME的界面。在GNOME接口支持绘图函数和三维表面。

abacus 是一个扩展性良好的小型计算器，得名于中国古代著名的计算工具----算盘，目前版本 2。支持四则混合运算、支持符号常量、支持变量参与运算、支持众多的数学函数、并可以把自己常用的公式定义成函数并像内置函数一样使用.

Gene Ontology是一个基因处理工具。目前许多生物学家把很多时间浪费在查找每个小块区域的所有可利用信息。它的目的是尽最大的努力去满足不同数据库中的基因持续信息描述的需求。 三个模块 ◆ 细胞模块 ◆ 生物处理 ◆ 分子功能

SpeedCrunch 是一款强大的高精度桌面计算器，支持包括Windows、Linux和MacOS系统。

QtiPlot软件是可运行于多个平台（windows && Linux）的开源免费的科学绘图软件。 从功能上讲，QtiPlot与windows 下的origin 几乎是一样的，连界面设计也极其相同，因此网上有人称它为 an open origin.g 。QtiPlot虽然是开源免费的，但是免费是指它的源代码，其编译好的二进制代码是收费的（也就是可执行文件），因此，如果你不想支持费用的话，你得自 己编译。编译QtiPlot可以参照软件主页上的说明，配置好相应的环境就可以了！不过过程是相当麻烦的。如果你不想自己编译（大多数人是这样想的吧 -_-!#），你可以从这个地址下载编译好的版本（Debian版本）： http://debian.physik.hu-berlin.de/addons/dists/sarge/binary-i386/ 注意你只需要按 顺序下载安装 ...

NS是一个离散事件仿真器，主要用于网络研究。它提供了大量通过有线和无线（本地及卫星）网络仿真的TCP，路由和多播协议的支持。它包括一个可选的网络动画。